Tā kā depozīta sistēmā ir iesaistīti lieli finanšu līdzekļi un savāktais materiāls ir ļoti vērtīgs – tieši krāpšanās riski var kļūt par sistēmas vājo punktu. Ieviešot depozīta sistēmu pie mums Lietuvā un kaimiņvalstī Igaunijā, līdztekus tika izstrādāti arī pilnīgas kontroles pasākumi, kas jau no pirmās dienas ir kalpojuši kā stūrakmens efektīvai divjoslu sistēmas vadībai, samazinot potenciālās krāpnieciskās darbības līdz minimumam.